Auf einer kleinen Anhöhe nördlich der Aurach stand bereits im 11. Jahrhundert auf dem Königshofgelände eine Kirche im romanischen Stil.
Diese war bis um 1300 dem Frankenheiligen Martin geweiht.

St. Magdalena war ursprünglich die Stadtpatronin von Herzogenaurach.

Der älteste Teil des jetzigen Baus ist der Chor. Die gotischen Formen weisen auf die Entstehung im 13. Jahrhundert hin.
Ab 1320 wurde mit dem Bau des großen Langhauses begonnen und um 1400 in hochgotischer Form vollendet. Das 17,5 m breite Langhaus wird von einem hölzernen Tonnengewölbe überspannt. Mit dem Langhaus entstand der Giebelturm an der Innenseite der Westwand.

Die Kirche lag bis ins 15. Jahrhundert außerhalb der Stadtmauer und bildete, wie das Schloß, einen eigenen, umwehrten Bereich.

Die letzte größere Restaurierung der Pfarrkirche erfolgte 1978 bis 1980, der Glockenturm wurde 2014 erneuert.

Zwischen 1920 und 1930 erwarb die Kirchenstiftung St. Magdalena in Herzogenaurach eine Kirchenkrippe. Die Figuren hatte der Herzogenauracher Schreiner Biermann und die Tiere der Herzogenauracher Walz geschnitzt. In den 1950-iger Jahren wurde die Krippe um Figuren des Augsburger Schnitzers Max Nothofer erweitert.

Anfang der 90-iger Jahre wurde die Krippe jährlich zu Weihnachten in der Gruft der Marienkapelle aufgestellt; befand sich aber in einem renovierungsbedürftigen Zustand.

1994 machte sich eine Gruppe Herzogenauracher Heimatfreunde daran, die Figuren zu restaurieren und neu einzukleiden sowie für verschiedene Szenen neue Gebäude und Landschaften zu bauen.

Es war eine Sisyphos-Arbeit, die sich aber gelohnt hat. Heute hat die Kirchenkrippe wieder ihren Stammplatz in der Stadtpfarrkirche, ist weit über die "Stadtmauern" Herzogenaurachs hinaus bekannt und wird sogar von Krippenfreunden aus dem Ausland besucht.
Für die ehrenamtliche Betreuung der Kirchenkrippe (Auf- und Abbau, laufender Szenenwechsel, Restaurierung, Einkleidung der Figuren, neue Szenarien usw.) haben sich seit 2002 die Krippenfreunde Herzogenaurach e. V. verpflichtet. 

www.krippenfreunde-herzogenaurach.de